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评估基因组组装完整度方法及装置

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专利号 2022104232657 专利名称 评估基因组组装完整度方法及装置
专利类型 发明专利 国际分类 G16B30/20(2019.01),G16B35/00(2019.01)
申请人 内江师范学院 申请地址 641100 四川省内江市东兴区东桐路内江师范学院
发明人 吕云云 申请日期 2022-04-21
下证状态 未知 更新时间 2025-01-11 08:52:26
专利摘要 本发明公开了一种评估基因组组装完整度方法及装置,根据测序报告确定测序reads的长度和测序错误率;在基因组序列中的随机位置上产生模拟reads;根据测序错误率在模拟产生的reads上进行错误性碱基替换;对实际和模拟产生的reads逐个碱基进行一定长度短片段kmer的抽取,并比较其反向互补配对序列,取在字母表排列在前的kmer作为序列标识;根据不同标识kmer的出现频次分布,计算所有kmer的频次深度分布;根据模拟测序数据产生的kmer频次深度分布与实际测序数据产生的kmer频次深度分布来评估基因组组装完整度。本发明整体设计不依赖于其他数据库,采用简单可行的手段对基因组进行科学合理的完整性评估。

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卖方 企业营业执照
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身份证
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